Nếu ở hai phiên bản đầu, nội dung nghiêng về mặt truyền thuyết nhiều, thánh kiếm Langrisser và ma kiếm Alhazard được nhắc đến nhiều thì ở phiên bản này, câu chuyện lại nghiêng về mặt âm mưu chính trị nhiều hơn, thánh kiếm và ma kiếm chỉ còn ở hàng thứ yếu.

Game mở đầu bằng một đoạn demo giới thiệu cung đình của liên bang vương quốc Regenburg (レーゲンブルグ連邦王国), khi đại vương Cleones (クレオネス大王) khen ngợi công lao hiển hách của tướng quân Gizarof (ギザロフ将軍) sau khi dẹp loạn. Để ban thưởng công lao, đại vương Cleones phong cho tướng quân Gizarof một vùng đất phì nhiêu, nhưng Gizarof không nhận mà chỉ xin một ngôi làng nhỏ bé, nghèo nàn quanh năm đóng thuế không đủ ở vùng ngoại ô. Đây chính là điểm khởi đầu cho âm mưu của Gizarof, một chuỗi hành động quỷ quyệt, thủ thuật chính trị của hắn để lật đổ đại vương Cleones rồi chiếm đoạt thỉnh tinh thể hiền giả để có được sức mạnh vô song, trở thành chúa tể cai trị cả đại lục.

Bối cảnh còn cho biết liên bang Regenburg đang giao hảo với tiểu vương quốc Caconsis và đang giữ hai con tin là công chúa của tiểu quốc này. Hai con tin này nằm dưới sự quản lý của nguyên soái Rivas và cũng là đích nhắm của Gizarof nhằm phá vỡ hòa bình giữa Regenburg và Caconsis.

Âm mưu của Gizarof bắt đầu bằng việc tăng thuế gấp đôi ở làng Gotal (ゴタール村), một làng nhỏ nghèo nàn được đại vương Cleones ban cho. Làng này vốn đã không đủ sức đóng thuế, năng tăng gấp đôi thì dân làng chỉ còn đường cầm vũ khí phản kháng. Đây là cái cớ để Gizarof tiêu diệt làng và chiếm đoạt thủy tinh thể hiền giả trong làng. Tiếp đó Gizarof dùng quỷ kế vu khống cho nguyên soái Rivas tội phản nghịch, sát hại ông ta rồi leo lên chức nguyên soái. Con trai hắn là Kuruga lên nắm chức tướng quân còn trống trong liên bang. Tiếp theo, Gizarof dùng tà thuật hại chết đại vương Cleones, trong khi đó lần lượt dùng mưu loại trừ hết các ứng cử viên trở thành chồng của công chúa Rozensil, con gái của đại vương. Sau khi loại hết đối phương, hắn cho con trai Kuruga kết hôn với công chúa Rozensil và vương quyền lọt vào tay Rozensil. Hành động của Gizarof gây ra làn sóng bất bình trong số các tướng quân trung thành với đại vương Cleones và hắn cũng tìm cách tiêu diệt luôn những người này. Nhưng mục tiêu của Gizarof không chỉ là vương quyền, hắn còn liên kết với tà thần Gendrasil, lợi dụng ma thuật sĩ Jessica để tái tạo bộ giáp chiến binh khổng lồ nhằm cai trị toàn đại lục.

Nhân vật chính trong Langrisser IV là Landius, một thanh niên mồ côi được trưởng thôn Gotal nhặt về nuôi từ nhỏ. Khi dân làng Gotal chống lại thuế má của Gizarof, Landius cùng em trai Rikky trốn khỏi làng và trên đường đi gặp gỡ với hai công chúa vương quốc Caconsis là Sherfanil và Anjerina. Sau đó họ bị lôi kéo vào cuộc chiến giữa Caconsis và liên bang Regenburg. Trong lúc này, vương tử bóng tối Bozel lấy tên giả là Featora ngầm ngầm giúp đỡ Caconsis chống lại Regenburg. Đây là lần đầu tiên trong lịch sử Langrisser, Bozel lại tỏ ra hợp tác với loài người như vậy. Nhưng đích nhắm của Bozel chính là thủy tinh thể hiền giả đang nằm trong tay Gizarof, một mình hắn không đủ sức chiếm lại nên mới liên kết với phe đối lập của liên bang là Caconsis. Đến Scenario 16, ma tộc phía Bozel sẽ đề nghị Caconsis hợp tác cùng chống lại Gizarof. Tùy thuộc vào câu trả lời đồng ý hay không mà câu chuyện sẽ diễn ra theo 3 hướng khác nhau là A, B và C. Hướng chính thống là C, khi trả lời không liên kết với ma tộc. Nếu chọn liên kết thì tiếp theo đó sẽ có sự kiện Jessica bị bắt, nếu người chơi chọn tin vào Jessica thì câu chuyện sẽ diễn ra theo hướng A, nếu chọn tin Bozel thì câu chuyện sẽ diễn ra theo hướng B, khi nhân vật chính chống lại cả nhân loại và mang bóng tối đến cho một thời đại mới.

Như vậy, Langrisser IV vẫn giữ lại đặc điểm của Langrisser II (Der Langrisser) là cho phép người chơi chọn lựa hướng đi riêng cho mình chứ không bó buộc theo một hướng nhất định. Tùy vào hành động, chọn lựa của người chơi mà kết thúc game sẽ khác nhau. Trong cùng một hướng lại nảy sinh nhiều phân nhánh nhỏ, tùy vào lựa chọn của người chơi cũng dẫn tới nhiều sai biệt trong kết thúc. Và trong quá trình chơi, luôn có nhiều câu hỏi được đặt ra và chúng có ảnh hưởng tới mối quan hệ giữa Landius với các nhân vật nữ. Tương tự các phiên bản trước, Langrisser IV cũng có một số Scenario ẩn chỉ được kích hoạt khi người chơi đứng vào đúng vị trí bí mật nào đó trong một số Scenario nhất định.